Biodiversité et expression génique des communautés microbiennes de la baie d'Hudson

Dans le cadre du projet BaySys (https://umanitoba.ca/faculties/environment/departments/ceos/research/BaySys.html) visant à comprendre le rôle de l'eau douce dans la baie d'Hudson, des échantillons d'eau ont été prélevés en 2017 et 2018, notamment des profils verticaux océaniques collectés par CTD-Rosette à 4 profondeurs (surface, maximum de chlorophylle souterraine, 70 m et eau de fond), de l'eau de surface des rivières collectée par Zodiac et de l'eau de surface en bordure de glace et sous la glace collectée à l'aide d'une pompe. Au total, 156 échantillons d'eau ont été prélevés en 2017 et 162 échantillons en 2018, couvrant la majeure partie de l'ouest de la baie d'Hudson et l'entrée du détroit d'Hudson. Pour prélever des échantillons d'ADN/ARN, l'eau a été filtrée à l'aide de filtres de 3 µm et de cartouches de 0,2 µm, qui ont été conservés dans un tampon à -80 °C. Ces échantillons peuvent être utilisés pour des techniques moléculaires telles que le séquençage d'amplicons 16S/18S et la métagénomique au fusil de chasse afin d'identifier les organismes présents, de mieux comprendre la structure des communautés planctoniques et les éventuelles adaptations génétiques aux gradients de salinité. D'autres échantillons ont été prélevés aux mêmes stations et aux mêmes profondeurs pour la cytométrie en flux (pour dénombrer les cellules bactériennes et/ou pigmentées), la microscopie à épifluorescence avec coloration DAPI et l'hybridation fluorescente in situ (une autre technique de microscopie). Tous ces échantillons ont été ramenés au laboratoire pour une analyse plus approfondie.