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Although DNA metabarcoding is increasingly used to monitor the distribution of marine communities, there is a lack of standardized methods, and it remains uncertain to what extent the DNA data reflects patterns of community dynamics observed by other methods. \\n\\nTo capture seasonal changes in the mesozooplankton community dynamics, samples were collected from small research vessels every 2 weeks before noon (8 a.m.\\u201312 p.m.) during 2017 from a deep-water temperate coastal station (QU39) in the northern Salish Sea, British Columbia (in the Sutil Channel between Marina Island and Quadra Island, lat: 50.0307, long: \\u2212125.0992; bottom depth of 260 m). To evaluate the differences between sampling and analysis methods, three different kinds of samples were collected. 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Although DNA metabarcoding is increasingly used to monitor the distribution of marine communities, there is a lack of standardized methods, and it remains uncertain to what extent the DNA data reflects patterns of community dynamics observed by other methods. \n\nTo capture seasonal changes in the mesozooplankton community dynamics, samples were collected from small research vessels every 2 weeks before noon (8 a.m.–12 p.m.) during 2017 from a deep-water temperate coastal station (QU39) in the northern Salish Sea, British Columbia (in the Sutil Channel between Marina Island and Quadra Island, lat: 50.0307, long: −125.0992; bottom depth of 260 m). To evaluate the differences between sampling and analysis methods, three different kinds of samples were collected. Zooplankton net samples were collected according to the standard method for zooplankton monitoring in the Strait of Georgia using a bongo ring net with weighted cod ends (0.5 m diameter, 250 µm mesh size; Aquatic Research Instruments, Hope, BC, Canada). In brief, the net was towed vertically from a stationary position, from ∼10 m above the bottom (in our case ∼230 m depth) to the surface, retrieved at 1 meter per second, and with a calibrated flow meter attached to record the sampled volume. One net was preserved in a 4% formaldehyde seawater solution for microscopic analysis. A second net was preserved in 95% ethanol for DNA metabarcoding. Two-liter water samples were collected weekly with Niskin bottles from near the surface at 5, 30, 100, and 260 m depths. The water was filtered onto separate 0.22 µm polycarbonate Sterivex filters and preserved at −80°C after the addition of a sucrose lysis buffer until further molecular analysis. During this sampling campaign, a total of 24 zooplankton nets were collected for microscopic analysis, 26 zooplankton nets for DNA analysis, and 218 filtered water samples from 43 different dates were collected for DNA analysis\n\nTo assess if taxa specific trends are sensitive to the selection of genetic marker, we sequenced both short fragment of the COI gene, with primers optimized to capture marine invertebrate community and the 18S gene, with universal primers optimized for marine microbial eukaryotes on an Illumina MiSeq in the Hakai Genome Lab. In doing so, we provide both new insights into the reliability of DNA metabarcoding analysis and guidelines for future studies that aim to use environmental DNA to study marine community dynamics. Further, through analysis of discreet water column DNA samples, we demonstrate the potential of the DNA approach in resolving differences in vertical zooplankton distributions.","fr":"Dans cette étude, nous avons évalué dans quelle mesure le métabarcodage de l'ADN d'échantillons environnementaux capte les changements dans la composition de la communauté du mésozooplancton marin afin d'optimiser l'utilisation des données de séquençage pour étudier la dynamique saisonnière. Bien que le métabarcodage de l'ADN soit de plus en plus utilisé pour surveiller la distribution des communautés marines, il n'existe pas de méthodes normalisées, et on ne sait toujours pas dans quelle mesure les données ADN reflètent les modèles de dynamique des communautés observés par d'autres méthodes. \n\nAfin de saisir les changements saisonniers de la dynamique des communautés du mésozooplancton, des échantillons ont été prélevés sur de petits navires de recherche toutes les deux semaines avant midi (8 h à 12 h) en 2017 dans une station côtière tempérée en eau profonde (QU39) du nord de la mer des Salish, en Colombie-Britannique (dans le canal Sutil entre l'île Marina et l'île Quadra, lat : 50,0307, longueur : −125,0992 ; profondeur du fond de 260 m, Del Bel Belluz et coll. (2021). Pour évaluer les différences entre les méthodes d'échantillonnage et d'analyse, trois types d'échantillons différents ont été collectés (Fig. 1b). Des échantillons de filets contre le zooplancton ont été prélevés conformément à la méthode standard de surveillance du zooplancton dans le détroit de Géorgie (Mackas et al. 2013, Perry et al. 2021) à l'aide d'un filet annulaire à bongo aux extrémités pondérées (0,5 m de diamètre, maillage de 250 µm ; Aquatic Research Instruments, Hope, Colombie-Britannique, Canada). En bref, le filet a été remorqué verticalement depuis une position stationnaire, de 10 m au-dessus du fond (dans notre cas, 230 m de profondeur) jusqu'à la surface, récupéré à 1 mètre par seconde et avec un débitmètre étalonné fixé pour enregistrer le volume échantillonné. Un filet a été conservé dans une solution d'eau de mer à 4 % de formaldéhyde pour une analyse microscopique. Un deuxième filet a été conservé dans de l'éthanol à 95 % pour le métabarcodage de l'ADN. Des échantillons d'eau de deux litres ont été prélevés chaque semaine avec des bouteilles Niskin près de la surface à 5, 30, 100 et 260 m de profondeur. L'eau a été filtrée sur des filtres Sterivex en polycarbonate séparés de 0,22 µm et conservée à -80 °C après l'ajout d'un tampon de lyse au saccharose jusqu'à une analyse moléculaire plus approfondie. Au cours de cette campagne d'échantillonnage, un total de 24 filets à zooplancton ont été collectés à des fins d'analyse microscopique, 26 filets à zooplancton pour l'analyse de l'ADN et 218 échantillons d'eau filtrée provenant de 43 dates différentes ont été collectés à des fins d'analyse ADN\n\nPour évaluer si les tendances spécifiques aux taxons sont sensibles à la sélection d'un marqueur génétique, nous avons séquencé à la fois un court fragment du gène COI, avec des amorces optimisées pour capturer la communauté d'invertébrés marins (Leray et al., 2013) et le gène 18S, avec des amorces universelles optimisées pour les eucaryotes microbiens marins (Balzano et al., 2015) sur un Illumina MiSeq du Hakai Genome Lab. Ce faisant, nous fournissons à la fois de nouvelles informations sur la fiabilité de l'analyse des méta-codes à barres de l'ADN et des lignes directrices pour les futures études visant à utiliser l'ADN environnemental pour étudier la dynamique des communautés marines. De plus, grâce à l'analyse d'échantillons d'ADN discrets de la colonne d'eau, nous démontrons le potentiel de l'approche ADN pour résoudre les différences dans les distributions verticales du zooplancton."},"title_translated":{"en":"DNA Metabarcoding Captures Temporal and Vertical Dynamics of Mesozooplankton Communities","fr":"Le métabarcodage de l'ADN capture la dynamique temporelle et verticale des communautés mésozooplanctoniques"},"xml_location_url":"https://metadata-generator-proxy.server.hakai.app/metadata/hakai/dna_metabarcoding_captures_tem_aeb30.xml","metadata-language":"en","metadata_modified":"2026-09-19T20:53:43.833601","frequency-of-update":"asNeeded","dataset-reference-date":[{"type":"creation","value":"2017-01-08"},{"type":"publication","value":"2024-11-30"}],"cited-responsible-party":[{"role":["author","custodian","distributor","originator","owner","pointOfContact","publisher","contributor"],"individual-name":"Novotny, Andreas","organisation-name":"University of British 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